Sudah dua setengah tahun sejak Naruto Uzumaki meninggalkan Konohagakure, Desa Daun Tersembunyi, untuk pelatihan intensif mengikuti acara yang memicu keinginannya untuk menjadi lebih kuat. Sekarang Akatsuki, organisasi misterius ninja nakal elit, mendekati rencana besar mereka yang dapat mengancam keselamatan seluruh dunia shinobi.

Meskipun Naruto adalah acara yang lebih tua dan menyeramkan di ufuk, ia telah berubah sedikit dalam kepribadian — masih kasar dan kekanak-kanakan — meskipun ia sekarang jauh lebih percaya diri dan memiliki tekad yang lebih besar untuk melindungi teman-teman dan rumahnya. Apapun yang terjadi, Naruto akan melanjutkan perjuangan untuk apa yang penting baginya, bahkan dengan mengorbankan tubuhnya sendiri, dalam kelanjutan kisah tentang bocah yang ingin menjadi Hokage.